מלגות מחלקתיות מיועדות לסטודנטים לתואר שני בשנה א' ובשנה ב' ללימודיהם, במסלול עם תיזה בלבד.
סטודנטים לתואר שני המקדישים זמן מלא למחקר יכולים לקבל בשנה הראשונה מלגה + פטור משכ"ל. במהלך סמסטר א' של השנה הראשונה על הסטודנטים למצוא מנחה לעבודת המחקר. אם לא נמצא מנחה עד תחילת סמסטר ב', תופסק המלגה ותחודש לאחר שיימצא מנחה.
סטודנטים לתואר שני נדרשים להגיש הצעת מחקר עד לתחילת השנה האקדמית השנייה. אם הוגשה הצעת המחקר עד תחילת השנה האקדמית או עד חודש לאחר תחילת שנה אקדמית, יוכלו הסטודנטים לקבל מלגה שנתית + פטור או החזר שכ"ל.
פטור משכ"ל = עד 200% - לא ניתן לקבל פטור עבור קורסי השלמה/ חריגה מעבר ל-200% / מימון תקורה / תשלומים נלווים. סטודנטים שעובדים יותר מ-40% משרה (מחוץ לאוניברסיטת בר-אילן) אינם זכאים למלגה מהמחלקה ולפטור או החזר של שכ"ל.
סטודנטים שהם חיילים בשירות חובה יהיו זכאים לפטור משכ"ל בתנאים של מציאת מנחה עד סוף סמסטר א' של שנה"ל הראשונה והגשת הצעת מחקר עד תחילת השנה השנייה. הפטור יינתן כהחזר שכ"ל בסוף השנה האקדמית, ורק אם עמדו בתנאי ההתקדמות המוגדרים (כולל מעבר קורסים).
מקבלי המלגה מהמחלקה מתחייבים לבדוק תרגילים ומבחנים, לתרגל, או לבצע מטלות אקדמיות אחרות במידה שהדבר נדרש, וכל זאת בתוספת תשלום.
חובה על סטודנטים לתואר שני שעוברים למסלול ללא תיזה, להודיע מידית למחלקה על שינוי המסלול, ומלגת המחלקה תבוטל. במקרה זה, הסטודנטים יצטרכו להחזיר את שכר הלימודים בשלמותו.
סטודנטים אשר מפסיקים את לימודיהם יחוייבו בהחזר המלגה ובהחזר תשלום שכר הלימוד
