המסלול לתואר שלישי מתרכז בעבודת מחקר מקורית, עיונית או ניסויית, ובהשתתפות במכסת קורסים בהתאם לדרישת המחלקה. משך הלימודים התקני לתואר השלישי הוא ארבע שנים. מומלץ מאוד לפנות למחלקה לפני ההרשמה לתואר שלישי כדי לוודא כי יש בה חברי סגל שיוכלו לשמש כמנחים, וליצור עימם קשר.

לרשימת הפקולטות והמחלקות 

שם בתעודה: תואר דוקטור לפילוסופיה

לפני הההרשמה למועמדות לתואר שלישי, על הסטודנטים לבחור מנחה למחקרם. במקרים מסוימים הסטודנטים יעברו ראיון אישי על ידי ועדה פקולטית.

מסלולי התואר השלישי:
המסלול הרגיל - מיועד לבעלי תואר שני עם תזה בממוצע 85 לפחות בקורסים וציון 85 לפחות על עבודת התזה. בחלק מהמחלקות נדרשים ציונים גבוהים יותר. מסלול זה פתוח גם למועמדים שהשלימו עבודת תזה או עבודה שוות ערך לתזה לאחר שקיבלו תואר שני ללא תזה.

המסלול הישיר - מיועד לבעלי תואר ראשון בממוצע 90 לפחות בתחום אליו יבוצע הרישום לתואר השלישי, ושקיבלו את התואר הראשון בשנתיים שקדמו להרשמתם לתואר השלישי.  בחלק מהמחלקות נדרש ממוצע גבוה יותר. סטודנטים במסלול זה לומדים גם את הקורסים הנדרשים לתואר השני עם תזה.

המסלול המשולב - מיועד לסטודנטים מצטיינים שהחלו את לימודיהם בתכנית לתואר שני עם תזה ושבתוך שנתיים מתחילת לימודיהם לתואר השני יסיימו את מכסת קורסי התואר השני בממוצע הנדרש. סטודנטים אלו יגישו הצעת מחקר לדוקטורט במקום עבודת תזה. הסטודנטים במסלול יקבלו תואר שני לאחר שהצעת המחקר שלהם תאושר.